Het is tijd om geschiedenis te schrijven. In deze verfilming van de populaire gamereeks maakt een revolutionaire technologie het beleven van genetische herinneringen mogelijk. Op die manier kruipt Callum Lynch (Michael Fassbender) in de huid van zijn voorvader tijdens de 15e eeuw in Spanje. Callum ontdekt dat hij een afstammeling is van een mysterieus en geheim genootschap, de zogenaamde Assassijnen. Hij vergaart een grote hoeveelheid kennis en doet ongelofelijke vaardigheden op die hij kan gebruiken om het op te nemen tegen de onderdrukkende en krachtige Tempeliers in de tegenwoordige tijd.